O acompanhamento do projecto é realizado, internamente, durante as reuniões do Comité Diretivo, realizadas temporalmente em cada um dos três países participantes. Está também planeada uma auditoria externa, cujo objectivo é avaliar o impacto social do desenvolvimento do projecto AGUAMOD no território SUDOE, mediante indicadores que determinem o grau de alinhamento entre os resultados do projecto e as expectativas geradas pelos agentes associados ao projeto. Paralelamente, está prevista a criação de uma comissão de peritos para avaliar as actividades do projecto e contribuir para divulgar os resultados fora do território SUDOE.
