El seguimiento del proyecto se lleva a cabo, internamente, mediante las reuniones del Comité de Dirección, que se realizan temporalmente en cada uno de los tres países concernidos. Además, se ha planificado la auditoría externa del mismo. El objetivo de esta auditoría es evaluar el impacto social del desarrollo del proyecto Aguamod en el territorio SUDOE, mediante indicadores que determinen el grado de alineamiento entre los resultados del proyecto y las expectativas de los agentes asociados al proyecto. Paralelamente, está previsto crear un comité de expertos que evalúe las actividades del proyecto y contribuya a difundir sus resultados fuera del territorio SUDOE.
